El museo funciona en un complejo arquitectónico compuesto principalmente por una casona construida con materiales típicos de la época de la colonia, es decir muros de tapia apisonada y empañetados preparados con estiércol de res, paja picada y arcilla amasada por bueyes.

El museo está dedicado a exhibir cerca de 860 piezas que son muestras de los procesos artesanales como el del barniz de Pasto, escultura, talla y torno en madera, tejidos de lana, paja toquilla y cabuya, artículos en cuero, cacho y hueso, talla en piedra, gobelinos y muñequería. Igualmente existen una herrería típica de los sectores rurales con su taller de fabricación de ollas y pailas a la usanza colonial, así como un molino de piedra que funciona por la acción de corriente hidráulica. Por otra parte, también existe una sección en la cual se exhibe la imprenta de tipos griegos del Dr. Leopoldo López Álvarez y muestras de su obra de traductor y humanista.

En los jardines internos aledaños a las salas, existen cultivos de plantas que pertenecen a la medicina tradicional de Nariño: manzanilla, orégano, paico, malva, entre otras.

El museo posee también un auditorio en el que se realizan actos culturales.